É uma área destinada à protecção de habitats importantes pela riqueza em flora e fauna.

Exemplos de reservas naturais:

- Berlengas;

- Dunas de São Jacinto;

- Estuário do Sado;

- Estuário do Tejo;

- Paul de Arzila;

- Paul do Boquilobo;

- Sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António;

- Serra da Malcata;

- Lagoas de Sto. André e da Sancha.

A Reserva Natural da Berlenga é, por exemplo, uma área com estas características. É um local de nidificação e refúgio de aves marinhas único em toda a Península Ibérica.

Devido à sua localização (afastada do continente), esta reserva é uma área com fauna e flora peculiares, tanto a nível terrestre como marinho.

A flora é constituída essencialmente por vegetação herbácea e arbustiva.

A planta Armeria berlengensis só existe nesta reserva.

Esta papoila é uma planta guanófila, isto é, utiliza os excrementos das aves para se desemvolver melhor.

Apesar da pequena área formada pelos ilhéus, a fauna é variada: exitem várias espécies de répteis, mamíferos, inúmeras aves e peixes.

Devido ao isolamento da ilha, o sardão-da-Berlenga é diferente dos congéneres do continente.

O rato-preto é uma verdadeira relíquia. Na ilha, escpou à competição com a ratazana dos esgotos existente no continente.

O airo é semelhante aos pinguins e é o símbolo da Reserva.

O corvo-marinho-de-crista nidifica na falésia e é um exímio mergulhador.

A toca do caboz está protegida por anémonas-do-mar.